今年入學的高一私校生，比公立學校多出來的
學費差額則由
教育部補助。教育部表示，預計該項方案實施後，需增加8.73億元的經費，明年起將正式納入年度預算編列，另五專生前三年也列入方案實施對象；有立委擔心，補助方案一旦實施，恐將排擠其他方案的預算；家長們則表示贊同。
該項補助方案並無排富條款，而少數學雜費驚人的私立貴族學校，家長的社經背景其實都不低，對此吳清基表示，教育部只補助學費，雜費並不包括在內，「主要是擔心一般社區的私立高中職，家長背景比起公立高中較居弱勢。」他也強調，私校不得因此變相調漲學雜費，教育部將會嚴格控管。
教育部中部辦公室科長許春梅表示，私校的學費有既定標準，高中最高收到2萬8百元、高職則是2萬2千5百元，「很多私校為了經營，都是收最高標。」另雜費也有既定標準，應該不會產生調漲學雜費的疑慮。
至於所謂的貴族學校，許春梅認為這很難定義，「為了孩子好，很多父母即使不富裕，也會送孩子到有名的私校就讀。」為顧及公平性，不會針對貴族學校訂出排富條款。
林姓家長認為，該項方案的確是踏出了12年國教的第一步，「我贊成啊。」另位洪姓家長聽聞私校學費比照公立學校則表示「很開心」，「這樣受教權才能真正公平，也減輕家長的負擔，孩子不必因為考不上公立高中、又沒錢念私立而被迫中斷學業。」
吳清基表示，該項方案實施後，預計將增加8.73億元的經費，今年先挪用行政院的第二預備金支付學費差額，明年開始將納入年度預算；至於今年念高二、高三的私校生，則沿用舊制，家戶年所得30萬元以下者，每學期補助1萬2千元，30萬元以上至60萬元者，每學期補助5千元。
不過立法委員趙麗雲則擔心，此方案將排擠到預定推動的產業人才更新方案，「未來每年一定得為補助學費編列預算，之前推的政策可能將因此受到影響。」她認為，教育部在方案實施前應先做通盤考量，避免因單一措施而影響到整體的政策方向。
