許多民眾有買中藥回家燉藥膳進補的習慣，卻很少人知道中藥材如何妥善加以保存。台北縣立醫院中醫科翁瑞文醫師表示，一般地中藥材有經過炮製的程序，所以都可以保存一段時間，但不宜放太久，因為放久易變質，例如發霉、氧化、產生黃麴毒素等，甚至減低原有的藥效。
翁醫師指出，大部分的中藥材都怕潮濕、高溫的環境，偏偏台灣氣候在夏天時往往高溫潮濕，所以在保存上就必須特別注意，原則上應將中藥材放置於低溫、乾燥處，常用的電冰箱即是很好的儲藏室，或是將藥材放置於密封的真空罐裡，以隔絕空氣進入，罐子以不透光為佳，需放置於陰涼乾燥處，並避免陽光照射。
不過有原則就有例外，尤其是中藥材種類有數百種之譜，不是每種藥材都需要特別放在低溫、乾燥的環境裡，例如龍骨、牡蠣、石決明等礦石類的中藥材，以及地龍（蚯蚓）、蟬蛻（蟬的殼）等蟲類藥材就可在常溫的環境下保存。有些中藥材也很特別，例如沉香、檀香、陳皮等理氣藥愈陳愈好，也就是說保存愈久藥效才會愈好。
翁瑞文指出，大部分的中藥材都有保存期限，一般約為二到五年，科學中藥粉亦同，若未妥善保存，藥粉受潮後將明顯結成塊狀。除了少部份藥材外，大部份藥材是愈新鮮愈好，畢竟藥材存放的愈久愈有變質的風險，所以還是不要放太久比較好。
值得注意的是，藥材使用時最好跟蔬菜一樣先用清水洗乾淨，因為有些大陸進口的中藥材曾使用二氧化硫薰過，其目的是為了漂白、防蟲蛀，若把二氧化硫吃下肚將有害健康，所以建議一定要用清水洗乾淨以後才能使用。
