神秘小海灣，這不是東莒最有名的景點，但卻是讓人最想去參觀、最「神秘」的地方，這個和人體某部位相似的海蝕地形，正好男女一組，傳說這是呂洞賓與何仙姑恩愛的地方，因此，又名為「呂何崖」。
從南竿坐船到東莒，船程大約50分鐘；東莒島很小，面積不到3平方公里，騎著機車半小時就可以繞完一圈，如果趕時間的話，走馬看花一下就能繞完所有景點，但建議不要這麼匆忙，還是慢慢來，才能細細品味小島景致。
．神秘小海灣 「神秘小海灣」是個海蝕奇特地形，岩石被海水長期侵蝕，挖出了一條溝，而這個溝之前，正好又有一根短短的柱狀岩石；呂洞賓、何仙姑是神，就算是留下來的腳印都超巨大，因此，身體器官很大也就不奇怪了；會出現這麼巨大，又剛好一對的男女性徵，據說就是他們正在激情演出了。
．東莒燈塔 東莒燈塔是國家二級古蹟，至今已超過130年，是全台第二老的燈塔；1842年鴉片戰爭後，閩江口的福州被英國人指定為五大通商口岸之一，1872年(清同治11年)，為了導引船隻，東莒島上於是立起這座燈塔，高19.5公尺，是台閩第一座石造洋式燈塔。
．大埔石刻 大埔石刻是一段刻在岩石上的刻文，已有400年歷史，內容是記載明朝萬曆年間名將沈有容，不傷一兵一卒就俘擄60名倭寇的事蹟，為了保護它，軍方還特別蓋了座涼亭為它遮風避雨，並以壓克力板罩住刻文，雖然讓這個景點「俗擱有力」，但目前也想不出什麼更好的方法保護它。
．大埔 大埔以前是東莒第二大漁村，但沒有魚可捕，再加上裁軍後連阿兵哥的生意都沒得做了，整個村落的居民全都搬光光，只剩下一棟棟石砌老宅獨守原鄉，實在很難想像當年漁船由港灣內一路排隊排到林坳嶼的盛況。現在有多位藝術家以接力方式來此駐村，為這個空無一人的村莊帶來新的氣息。
．大坪村 東莒島上居民不多，僅有200人，大部份居住在大坪、福正兩村，其中，大坪村為島上的生活中心，阿兵哥愛吃的鴨頭、豆花等等，都在這裡，而島上的信仰中心福德正神廟也在這條街上；馬祖人靠海吃飯，多信仰媽祖，東莒人較特殊，是唯一以土地公為主神的島嶼。
