成功大學與金門大學明年開始將試辦大學自主治理，包括校長遴選與連任、學雜費調整、校地變更或校務基金運作等重大決策，都由學校自主治理。不過，教育部還是保有權限，教育部長吳清基表示，學校如果要調整學雜費，需在教育部學雜費調整辦法的範圍內做變動。
教育部高教司長何卓飛表示，在不修法、現有行政人員權益不變的前提下，讓成功和金門大學成立「大學自主治理委員會」，委員除了校方，還會納入政府代表，採合議制。何卓飛強調，大學學雜費如果要調漲，教育部擁有最後決定權。
成功大學自主規畫團隊成員之一的政治系主任楊永年表示，大學自主治理委員會，由十五至十九人組成。其中，有超過六成以上的委員，將聘請社會賢達、公正人士及校友出任，至於教育部也有二名委員，內部委員則包括校長及數位教師代表。
楊永年並指出，未來大學自主的分工，將以大學自主治理委員會為最重要機構，校長負責經營，校務會議則協助校長處理校內事務。楊永年強調，成大為推動大學自主，除確定成立大學自主治理委員會的具體方向外，也已在校務會議及各學院廣開說明會及討論會，希望能夠凝聚師生的意見。
國立金門大學校長李金振也表示，在自主空間更大的條件下，學校與地方需要可更緊密結合，例如金門完整保存具閩南建築特色的聚落，未來隨著區域發展與建設需求，即可整合與開拓相關資源。
