明年底國道將由現行計次全面改為計程收費，外界最關心的費率問題，交通部預計最慢在新制上路半年前公布。由於所有國道路網都會納入，目前超過一半不用付費的短途通勤族及國二、國六及國十等東西向國道，都不再是free way（免費道路），走多少就要付多少。
另一方面，立院交通委員會對國道電子收費系統（ＥＴＣ）執行成效相當不滿，批評當初政府將ＥＴＣ採ＢＯＴ是錯誤政策，要求政府將ＥＴＣ收歸國營。交通部長毛治國說，過去政策「我們概括承受」，至於解約「永遠當備選方案」，非不得已「不希望走到這一步」。
不過，交委會最後仍通過提案，要求交部三個月內提出ＥＴＣ收回國營的可行性評估報告。
根據統計，目前有將近五成五都會區周邊的國道上下交流道都不會經過收費站；此外，包括連接桃園機場的國二、國十（左營到旗山）和國六（霧峰到埔里）等不收費的東西向高速公路，未來都要「使用者付費」。
龐大的短途通勤族都將按里程收費，引發立委高度關切。國民黨立委楊仁福質疑，計程收費上路後，很多住在都會區附近、原來不必繳錢的通勤族，會認為政府在「搶錢」，建議交部提早確定費率向全民宣導，以免引起民怨。國民黨立委林明溱更建議，高速公路卅公里以下，全面免收費。
高公局長曾大仁說，目前高公局正在針對計程費率進行研議，對於原來不用繳錢的都會區短途通勤族，將透過費率結構適當處理；而將來全部路網都納入收費，費率有調降的可能性。
外界也擔心，計程收費上路後，恐將造成市區及地方道路「塞爆」。交大交通運輸研究所教授馮正民建議，政府可針對長途與短途訂出差別費率，類似計程車採固定里程基本費率，超過一定里程後再往上累計。
