疫苗接種，不可避免的會引起一些副作用，但在考慮利多於弊的情況下，還是值得廣泛實施疫苗接種。在某些特殊情形下，接種疫苗反而使得弊多於利，或者疫苗會失去效力。
此時就不必冒著引發副作用的危險勉強注射，這些就是疫苗接種的禁忌。無論是接種那一種疫苗，都有以下三個共同的禁忌：
1. 發燒或其他需要特殊治療的疾病
主要是擔心疫苗的不適反應，可能會影響以後對病情的判斷。假設一個小孩原本因感冒發燒到三十八度半，接種疫苗以後，晚上若燒到四十度，就難以判斷這是單純的疫苗反應呢？
或是病情已經惡化，需要作進一步的處理。至於一般沒有發燒的感冒，仍然可以接種疫苗。至於一些病程較久的疾病，例如急性細支氣管炎，小孩子可能會咳上數個月，等觀察一陣子，沒有問題以後，就可以接種疫苗。至於所謂其他需要特殊治療的疾病，並沒有明顯的定義。一般來說，指的是需要到住院治療的特殊病症，此時不打疫苗，也同樣是怕混淆了病情的判斷。
2. 對於同樣疫苗曾有過嚴重反應
所謂的嚴重反應，指的是可能危及生命，或者會引起永久性後遺症的反應，例如過敏性休克，這其中以百日咳疫苗的副作用特別常見。
3. 未接受過治療的結核病患者
結核病特別會影響到細胞性免疫功能，所以若未經治療時，不適於接種任何疫苗。
