食物中毒除細菌性污染及毒性物質中毒外，還有很多植物本身含有之天然毒素，而這些也是平日常見的食物，民眾如大量進食這些有毒植物或未經妥善處理即食用這些植物，可能會引致食物中毒，危害健康。
含天然毒素常見的蔬果有：青豆、紅腰豆、白腰豆中的植物血球凝集素；北杏、竹筍、木薯和亞麻籽所含的氰甙；馬鈴薯中的甙生物鹼及野生菇類中的毒蕈等。
食用天然植物毒素引致之食物中毒症狀：如生物鹼中毒會出現腸胃不適，腹瀉、嘔吐、嚴重腹痛、昏睡、反應冷淡、思維混亂、疲乏和視力模糊，繼而失去意識，有些甚至死亡。植物血球凝集素中毒會出現胃痛、嘔吐、腹瀉、紅血球凝集；氰化物中毒有呼吸急速、血壓下降、脈搏急速、暈眩、頭痛、胃痛、嘔吐、腹瀉、精神錯亂、神情呆滯、發紺伴有顫搐和間歇性抽搐，繼而陷入長期昏迷之症狀；另外銀杏的果實（白果）含多種植物毒素食用後也會有嘔吐、煩躁、持續或陣攣性抽搐等典型症狀。
如何避免因食用這些植物所引起中毒之方法：例如把含有氰甙毒素的食用植物切成小塊後用沸水烹煮，可降低氰化物含量，採用乾燥加熱方式或很少水份烹煮含有氰甙的植物，則須小心選擇和控制進食的份量，因有一些種類的天然毒素經過一般的配製和烹煮過程，毒素仍維持不變，民眾須特別小心。
台南市衛生局呼籲民眾不購買及食用已發芽、變綠、或腐爛的馬鈴薯，因為烹煮方法不能除去甙生物鹼。也請勿在野外採摘不適合人食用的有毒野生菇類。食用含天然毒素的植物會引致食物中毒，視多個因素而定，如個人易感性和吸收程度、烹煮方法，以及植物的毒素含量，（特別是兒童和老年人）應限制進食含天然毒素食用植物的份量，並採取減低毒素含量的安全方法配製這些食物，才可安心食用。
