樹木可吸收二氧化碳，減少溫室效應，但不砍樹卻不見得是上策。中興大學森林系教授許博行表示，年輕樹木吸收二氧化碳比較多，所以適當使用樹木，再栽植新樹，才是最好方式。
許博行曾任惠蓀林場關刀溪森林生態系長期研究計畫的召集人，他指出，惠蓀林場的人工林和天然林相距不到一百公尺，測量兩處二氧化碳濃度，發現天然林區二氧化碳濃度，明顯高於人工林區，約相差十分之一。
許博行說，京都議定書規定一九九○年之後栽種的林木，可以抵減碳稅，是因為新生樹木會吸收較多二氧化碳，就像青少年食量比較大一樣；至於老舊天然林，不只吸收二氧化碳較少，也因地面枯枝較多，會腐爛產生二氧化碳，所以天然林中二氧化碳濃度較高。
有些環保人士極力阻擋砍伐林木，許博行認為，森林學界常說「能帶走的不要帶走，不能帶走的儘量帶走」，意思是小的枯枝讓它在森林裡腐爛，提供土地養分，大的樹木卻可帶走利用，再種植新樹，這樣人類有木材可用，又可減少二氧化碳，才是正確態度。
森林還可把酸雨變成中性，中興大學森林系助理教授劉瓊霦研究發現，關刀溪地區剛降下的雨水ｐＨ值約四點三（ｐＨ值七為中性，愈小愈酸），經過樹頂、穿過樹葉落下來的「穿落水」，會升高到六點二，而沿著樹幹流下來的「幹流水」，則是六左右；等水穿過土壤流進溪流，ｐＨ值就變成七了。
農委會林業試驗所所長、國際長期生態研究網主席金恆鑣表示，台灣有百分之七十面積是綠的，台灣的未來在生態，若生態被破壞，想求經濟發展根本不可能，因此希望政府提供更多資源在生態研究。
金恆鑣又說，現在台灣的處境只有靠知識與國際接軌，才能勝過大陸；在美國科學界支持下，他將於月底在台灣成立「亞熱帶生態學會」，主導全球亞熱帶生態研究，明年將發行「亞熱帶生態學期刊」，提高台灣國際學術地位。
