慢性腎炎患者的自然病程變化很大，有一部分病人的病情比較穩定，經5～6年，甚至20-30年，才發展到腎功能不全期，極少數病人可自行緩解。另一部分病人的病情持續發展或反覆急性發作，2～3年內即發展到腎功能衰竭。一般認為慢性腎炎的持續性高血壓及持續性腎功能減退者預后較差。 總之，慢性腎炎是具有進行性傾向的腎小球疾病，預后是比較差的。腎活檢的病理學分型對預后的判斷比較可靠，一般認為微小病變型腎病和單純的系膜增殖性腎炎預后較好，膜增殖性腎炎大部分病例在數年內出現腎功能不全，局灶性節段性腎小球硬化及Iga腎病預后亦差。
