A.G.101年，在突然出現的未知敵人（Unknown Enemy。以下簡稱「UE」）的襲擊下，太空殖民地「天使」崩毀，事件被稱為「天使之落日」，讓居住於地球圈的人們再度陷入漫長的苦痛之中。

A.G.108年，與UE之間的戰爭仍持續著，和平的太空殖民地「歐華」也受到了UE的襲擊，居於其中的7歲少年菲利特·明日野因被捲入了戰火而失去了母親。但母親在垂死之際，將代代相傳的記憶組件「AGE裝置」託付給了菲利特，在裝置之中，保存有過去被稱為救世主的MS「鋼彈」的設計圖，繼承了母親遺志的菲利特下定決心製造「鋼彈」。

A.G.115年，14歲的菲利特被收容在太空殖民地「諾拉」中的地球聯邦軍基地阿靈斯頓。7年以來，持續與基地中的科學家們進行研究的他，終於完成了「鋼彈」。但UE的魔掌也在同時伸向了「諾拉」……