教育部部長吳清基表示，十二年國民基本教育是社會各界殷切期待的重大教育工程，涉及層面甚為廣泛，包含「入學方式與就學區規劃」「免學費政策」「高中職優質化、均質化」「國中教學正常化、適性輔導及品質提升」「課程連貫與統整」及「師資素質提昇」等7大工作要項及11項配套措施，總計29個方案。

吳清基強調，12年國教的核心重點在於老師的教學方法，所以教育部將和地方政府合作辦理在職研習，鼓勵老師打破考試引導教學，並且自我成長，加強教學方法。至於外界擔憂12年國教的結果，將使得明星學校學區擠破頭，吳清基表示，現在的社會環境已經改變，所以他呼籲家長打破明星高中迷思，優秀的人才不一定來自於名校，學校成績和社會成就不一定成正相關，唯有找到符合孩子的興趣發展，才是最重要的。

教育部將分階段執行宣導12年國教，首先在9月到10月中旬，以國中及高中職教職員、學生及學生家長為主要宣導對象，並將印製並發送宣導摺頁與手冊，讓親師生對十二年國民基本教育整體內涵有清楚瞭解。

10月中旬到明年3月，將運用電子媒體、平面媒體、網路及廣播進行各項宣導工作，並將於10月中旬至11月上旬，由教育部與地方政府合作辦理政策說明會。至於家長、學生最關心的入學方式，預計在明年4月才會公佈。