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立法院院會12日晚間漏夜三讀通過政府組織再造相關法案，包括行政院組織法、中央政府機關總員額法草案、中央政府組織基準法、以及行政院功能業務與組織暫行條例草案等4個法案，未來行政院下的組織將有14部、8會、3獨立機關，總員額數上限將限制在17萬3千人。

『(立法院長王金平原音)本案就作如下的決議，行政院組織法修正通過！』政府組織將出現重大變革！立法院院會在本會期最後一天晚上挑燈夜戰，一直審法案到13日凌晨，三讀通過政府組織再造的相關法案，未來中央政府組織將從現行的將近40個部會改為27個部會加上2個總處，共有14部、8會、3獨立機關、加上中央銀行和故宮博物院，行政院下設立主計總處和人事行政總處。院會並三讀通過中央政府機關總員額法，機關總員額總數上限將限制在17萬3千人，現行公務員約有18萬2千人，因此未來將減少約1萬多人。

依照修法通過的版本，14部中內政、外交、國防、財政、法務維持不變，經濟部改為經濟及能源部，體委會併入教育部，交通部改為交通及建設部，勞委會、農委會、衛生署、環保署、文建會、國科會分別升格為勞動部、農業部、衛生福利部、環資能源部、文化部、科技部。研考會主委朱景鵬說：『(原音)在這次立法通過尤其具有創新意涵，各位也看到，我們經濟及能源這塊，其實是秉持目前先進國家在能源政策跟產業輔導相關的政策統合跟整合下，我們掌握世界發展脈動。』

8會除了現有的陸委會、金管會、僑委會、退輔會、原民會、客委會之外，增設海洋委員會，並將經建會和研考會合併成為國家發展委員會。3個獨立機關則為中選會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會。院會並投票通過國民黨團修法版本，新的行政院組織法將從2012年1月1日起實施。

院會並通過附帶決議，為了因應氣候變遷問題，政府應該有更高層次的能源和氣候變遷組織設計，建立一個具備政策規劃和執行功能的組織。另外，為了促進性別平等，維護婦女權益，行政院應維持跨部會的婦女權益促進委員會，並設立性別平等處。