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這當中有對人有害的，被人們稱爲有害菌；有對人有益的，被稱爲有益菌（即：益生菌）；也有介於二者之間的條件致病菌，即在一定條件下會導致人體生病的細菌。
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人體內對人有益的細菌主要有：雙歧桿菌、乳酸菌、放線菌、酵母菌等。
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何謂益生菌？國際營養學界普遍認可的定義是：益生菌系一種對人體有益的細菌，它們可直接作爲食品添加劑服用，以維持腸道菌叢的平衡。
益生菌之種類
迄今爲止，科學家已發現的益生菌大體上可分成三大類，其中包括：
①
雙歧桿菌類（如長雙歧桿菌、短雙歧桿菌、嬰兒雙歧桿菌、青春雙歧桿菌）
②
乳酸菌類（如嗜酸乳桿菌、乾酪乳桿菌、詹氏乳桿菌、拉曼乳桿菌等）
③
革蘭氏陽性球菌（如糞鏈球菌、乳球菌、仲介鏈球菌等）
此外，還有一些酵母菌與酶亦可歸入益生菌的範疇。
益生菌有哪些保健作用
一些學者認爲，其作用可以概括爲：
①
防治腹瀉——病人經常服用含益生菌的保健食品，可預防與治療腹瀉症。正常人體腸道內棲息著500多種、數十萬億個不同的細菌，它們在絕大多數情況下是互相制約、共存共榮的。一旦腸道菌叢平衡被打破，就會引起腹瀉。其次，濫用抗生素也會引起腹瀉。歐洲一些醫療中心試用以雙歧桿菌與乳桿菌爲主要成分的口服液治療旅行者腹瀉，也取得良好效果。
②
增強人體免疫力——科學家認爲：益生菌在腸道內的大量繁衍可促進並提高人體的全身免疫能力。在歐洲一些著名長壽之鄉（如高加索山區、地中海沿岸國家），老人腸內的雙歧桿菌的數量比其他地區老人要多接近60倍。
③
預防陰道感染——益生菌的另一作用是，可預防陰道感染症。歐洲所做的雙盲對照試驗（46名有陰道黴菌感染史的婦女參加了試驗）證實了這一點。女病人每人每日口服150毫升含大量益生菌的飲料，結果陰道感染發生率大大低於安慰劑組婦女，顯示出益生菌可抑制陰道內白色念珠菌的繁殖。
